In 2017 is door minister Jet Bussemaker van Onderwijs, Cultuur en Wetenschap een deel van de collectie van het Koninklijk Zeeuwsch Genootschap der Wetenschappen aangewezen als beschermde cultuurgoederen. Het gaat om een groot aantal voorwerpen uit de 18de eeuw en enkele later verworven topstukken uit verschillende deelverzamelingen.
De aanwijzing is ingevolge artikel 3.7, lid 4 van de Erfgoedwet 2016, dat wil zeggen dat de voorwerpen onvervangbaar worden geacht, dan wel onmisbaar door een symboolfunctie, schakelfunctie of ijkfunctie. De voorwerpen zijn beschermd en komen in het nationaal register van beschermde cultuurgoederen.
Dit betekent dat ze niet naar het buitenland mogen en als ze worden verplaatst dit gemeld moet worden aan de Nederlandse Erfgoedinspectie. Voor het beschermen van het erfgoed gelden nu ook hogere eisen voor goed beheer door de bruikleennemers. Deze aanwijzing van beschermde cultuurgoederen is de eerste in Zeeland.
Tot het beschermde erfgoed behoren de oudste voorwerpen verzameld in de periode 1769-1805. De kerncollectie omvat onder meer het oude rariteitenkabinet met etnografica, naturalia, boeken en oud- en zeldzaamheden. Hieronder zijn bijvoorbeeld de altaarsteen voor de godin Burorina (waarschijnlijk gevonden in Domburg in 1647), het schelpenkabinet uit het legaat van Job Baster, geneesheer te Zierikzee (1711-1775), hetdraakje op sterk water geschonken door Willem Arnoud Kien van Citters in 1780, de Egyptische mummie geschonken door Adriaan Moens in 1782, het planetarium van Johan Adriaan van de Perrre (1738-1790) en de mineralen, aantekeningen en oudst bekende kaarten van Tibet en Nepal afkomstig van de Vlissingse ontdekkingsreiziger Samuel van de Putte (1690-1745).
Ook de speciaal ontworpen kabinetten waarin de voorwerpen werden getoond, is nu beschermd. Tot de beschermde topstukken horen onder meer het touwslagerswiel van Michiel de Ruyter, de Roman-Visscher-atlas uit 1662 en de gebruiksvoorwerpen en kledingstukken van de Zwartvoetindianen uit Noord-Amerika geschonken door Meinard Sprenger (1860-1951).
