Al snel na de oprichting van het Genootschap in 1769 werden voorwerpen voor de collectie aangeboden. Veel leden hadden thuis een Kabinet van Zeldzaamheden en uiteraard moest het Genootschap ook over zo’n verzameling kunnen beschikken. In die tijd was de opvatting dat door de studie van de schepsels in de natuur de Schepper zelf beter begrepen zou kunnen worden. Daarnaast was het ook zo dat, omdat veel naturalia zeldzaam en dus duur waren, de rijkdom en het maatschappelijk succes van de eigenaar van het kabinet hiermee zichtbaar werd. Om de groeiende collectie smaakvol te kunnen etaleren werden kasten gekocht en werden Leendert Bomme en Martinus Slabber door het bestuur verzocht de collectie te ordenen.

Pas in de jaren '60 van de 19^eeeuw werd een aantal conservatoren benoemd die zich speciaal met de naturalia gingen bezighouden en een reeks catalogi samenstelden. Er verscheen een catalogus van de dieren, waarin ook de mensenschedels en de houtcollectie waren opgenomen. Ook van de schelpen, de mineralen, de geologische verzameling en de vogels verschenen gedrukte catalogi. Waar eerst via de voorwerpen de schepping bestudeerd werd, ging nu de eigen omgeving centraal staan. Voor de naturalia betekende dit de aanleg van een Zeeuws herbarium, het verzamelen van grondmonsters voor de geologische collectie en het bijeenbrengen van zoveel mogelijk dieren uit Zeeland. Zoals in het voorwoord van de catalogus uit 1879 door J.G. de Man (Naamlijst van voorwerpen van zoölogischen aard) beschreven staat: ‘…. en dat het [genootschap] poogt langzamerhand die voorwerpen bijeen te zamelen, welke gerekend kunnen worden te behooren tot de Fauna van Zeeland’. De aandacht ging niet alleen uit naar levende planten en dieren in Zeeland, ook werd een begin gemaakt met het verzamelen van fossiele botten, door vissers opgevist uit Wester- en Oosterschelde. De diepe geulen snijden oude aardlagen aan en de daarin bewaarde botten spoelen daarbij uit. Ook voor de vroegere inwoners van Zeeland ontstond een grote belangstelling. Wie waren de eerste Zeeuwen? Op veel plaatsen, vooral in overstroomde gebieden, werden grote aantallen schedels opgegraven en opgemeten.

Veel werd bewaard, veel ging verloren. Maar de collectie naturalia is nog steeds een afspiegeling van de opvattingen over de natuur door de eeuwen heen, van zeldzaamheden en het werk van de Schepper, wereldwijd. Er werd ook verzameld met het oog op mogelijk nut en tenslotte ging het vooral om het bijeenbrengen van voorwerpen die typisch Zeeuws zijn. En, het werk is nooit af, nog steeds worden er op bescheiden schaal voorwerpen aan de collectie toegevoegd.